准备工作
一定要看:如果你对linux不熟悉,建议安装带桌面的CentOS,方便编辑文件!你也可以下载宝塔面板,宝塔面板兼有文件传输和文件编辑的功能。本文全部通过命令行来编辑重要文件,请自行使用桌面版或宝塔面板替换命令行!
有偿远程部署请加QQ:1924884531
VMware Workstation 安装 Centos 7 64位,教程参考下面这篇文章,虚拟机磁盘最低40GB!(如果你有云服务器可跳过此步)
前往官网下载Xshell和XFTP,下载链接:家庭/学校免费 – NetSarang Website (xshell.com)
两个都要下载安装好,一个连接虚拟机,一个传文件!
准备好CentOS系统后
用xshell连接centos虚拟机(云服务器同理),终端输入ip a
打开xshell填入ip、账号、密码
账号填root,密码是安装时候的设置的,我的是123456(asdf123321)
链接成功
如果你安装了桌面版,可以主文件夹按两次 Alt+方向键上 看到所有目录
如果没有,你可以安装宝塔面板
打开终端输入
yum install -y wget && wget -O install.sh https://download.bt.cn/install/install_6.0.sh && sh install.sh ed8484bec
按y确认
结束
登录后可查看和编辑文件
环境配置及程序准备
在终端执行以下命令更新所有软件包
yum update -y
在终端执行以下命令安装32位库
yum install libstdc* -y
yum install glibc* -y
yum install libgcc* -y
安装完成后依次输入以下命令,查看未安装的包,然后安装下未安装的包
yum list libstdc*
安装所有可安装的包
yum install libstdc++.i686 libstdc++-devel.i686 libstdc++-static.i686 -y
以此类推。一定要检查你自己是否安装完了!
yum list glibc*
yum install glibc-devel.i686 glibc-static.i686 -y
yum list libgcc*
yum install libgcc.i686 libgcc.x86_64 -y
在终端执行以下命令安装gcc
yum install -y autoconf automake bzr gcc gcc-c++ libtool make mercurial subversion wget
Intel-parallel_studio XE 2019
Intel-parallel_studio XE 2019是Intel公司推出的一个用于并行计算、高性能计算和机器学习领域的软件套件。它包括了多个工具和库,可以帮助开发人员优化并行应用程序以提高性能。
其中包含的工具有:
- Intel C++编译器:用于编译C++程序,并支持C++14和OpenMP 4.5标准。
- Intel Fortran编译器:用于编译Fortran程序,并支持Fortran 2008和OpenMP 4.5标准。
- Intel MPI库:用于实现分布式内存并行计算,支持MPI-3标准。
- Intel MKL库:数学库,提供了高效的矩阵运算、傅里叶变换、随机数生成等功能。
- Intel TBB库:线程库,提供了高效的任务调度、锁操作等功能。
- Intel Advisor:性能分析工具,可以帮助开发人员找到并行程序中的性能瓶颈。
- Intel VTune Amplifier:性能分析工具,可以帮助开发人员深入了解程序的性能特征,通过改进代码以实现更好的性能表现。
总之,Intel-parallel_studio XE 2019提供了丰富的工具和库,可以帮助开发人员充分利用多核处理器和集群等环境的性能优势,实现高效并行计算。
下载链接:
链接:https://pan.baidu.com/s/1H7yt9eE_sgSf-dB931gOqw
提取码:lsyy
证书:
链接:https://pan.baidu.com/s/1bQr1IG70zcinekCapcyJVw
提取码:lsyy
下载得到 parallel_studio_xe_2019_cluster_edition.tgz 和 License.rar
将 License.rar 解压,解压后将 parallel_studio_xe_2019_cluster_edition.tgz 和 License 文件夹通过XFTP传到/root文件夹下(一直要使用root账户登录)
或者使用宝塔面板将文件上传
#解压
tar -zvxf parallel_studio_xe_2019_cluster_edition.tgz
#进入intel 2019 的安装目录
cd parallel_studio_xe_2019_cluster_edition
#运行安装脚本
sh install.sh
1.回车
2.连续按空格(约14次?),知道提示输入accept
3.我同意收集我的信息/我不同意收集我的信息
4.这里要等一会儿
5.默认回车
- 跳过先决条件 [默认]
- 显示有关问题的详细信息
- 重新检查先决条件
6.选择2
- 使用序列号激活 [默认]
- 使用许可证文件或使用Intel(R)软件许可证管理器进行激活
7.默认回车
- 使用许可证文件离线激活 [默认]
- 使用Intel(R)软件许可证管理器查找现有的许可证文件
输入证书地址,我这里是
/root/License/parallel_studio_b.lic
回车
8.回车
- 完成配置安装目标 [默认]
- 安装目标 [当前系统(单节点)]
9.空格+回车
这里选择2可以自定义安装目录,这里用默认安装目录是/opt/intel
10.安装完成,回车退出
11.配置环境变量
vi ~/.bashrc
输入以下内容,将/opt/intel替换为你的安装目录
# intel 2019 environment variable
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
export PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117:$LD_LIBRARY_PATH
source ~/.bashrc
12.验证
ifort -v
which icc ifort icpc mpiifort
成功!
VASP 6.1.2
VASP(Vienna Ab-initio Simulation Package)是一款用于计算材料电子结构和分子动力学的软件包。它采用密度泛围理论(DFT)作为基础理论,对固体材料、表面、分子等进行模拟计算。
VASP的主要特点包括:
1.高精度的计算结果:通过使用平面波基组和赝势方法,能够以很高的精度计算材料电子结构。
2.可扩展性强:VASP可以在多个计算节点上并行运算,从而加速计算速度。
3.支持多种计算方法:除了基本的电子结构计算外,还支持自洽场计算、分子动力学模拟、声子谱计算等各种计算方法。
4.用户友好的界面:VASP提供了一套完整的、用户友好的界面,使得用户更容易地进行计算和分析。
5.广泛应用于材料科学领域:由于其高精度和可靠性,VASP已经成为了许多材料科学研究领域的标准工具之一。
VASP的使用也需要一定的物理化学和计算机知识,需要认真阅读文档和教程,并且需要足够的计算资源来支持计算。
软件包 6.1.2:
链接:https://pan.baidu.com/s/1V-LGPeUjajpZ50rdCShjtg
提取码:lsyy
将文件上传到root文件夹
解压
tar -xzvf vasp.6.1.2.tar.gz
重命名
mv vasp.6.1.2_patched/ vasp.6.1.2
将vasp.6.1.2/arch/makefile.include.linux_intel 这个文件复制到 vasp.6.1.2 目录下,并重新命名为makefile.include
cp vasp.6.1.2/arch/makefile.include.linux_intel vasp.6.1.2/makefile.include
编译
make std
make gam
make ncl
编译成功后会在/root/vasp.6.1.2/bin下看到以下三个文件
配置环境变量
vi ~/.bashrc
export PATH=$PATH:/root/vasp.6.1.2/bin
source ~/.bashrc
测试
下载上传软件包或者wget http://sobereva.com/attach/455/benchmark.Hg.tar.gz
链接:https://pan.baidu.com/s/1gClG8tAH-4rI2wj339EuWQ
提取码:lsyy
解压
tar -xzvf benchmark.Hg.tar.gz
rm -f benchmark.Hg.tar.gz
cd vasp.Hg
mv IN-short INCAR
mpirun -np 4 vasp_std #vasp_std 就是/opt/vasp.6.1.2/bin 中编译好的几个文件之一
成功
感谢
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