CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程

准备工作

一定要看:如果你对linux不熟悉,建议安装带桌面的CentOS,方便编辑文件!你也可以下载宝塔面板,宝塔面板兼有文件传输和文件编辑的功能。本文全部通过命令行来编辑重要文件,请自行使用桌面版或宝塔面板替换命令行!

有偿远程部署请加QQ:1924884531

VMware Workstation 安装 Centos 7 64位,教程参考下面这篇文章,虚拟机磁盘最低40GB!(如果你有云服务器可跳过此步)

Xshell – 业界最强大的SSH客户机

前往官网下载XshellXFTP,下载链接:家庭/学校免费 – NetSarang Website (xshell.com)

两个都要下载安装好,一个连接虚拟机,一个传文件!

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图

准备好CentOS系统后

用xshell连接centos虚拟机(云服务器同理),终端输入ip a

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图1
CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图2

打开xshell填入ip、账号、密码

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图3

账号填root,密码是安装时候的设置的,我的是123456(asdf123321)

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图4

链接成功

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图5

如果你安装了桌面版,可以主文件夹按两次 Alt+方向键上 看到所有目录

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图6

如果没有,你可以安装宝塔面板

打开终端输入

yum install -y wget && wget -O install.sh https://download.bt.cn/install/install_6.0.sh && sh install.sh ed8484bec
CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图7

按y确认

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图8

结束

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图9

登录后可查看和编辑文件

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图10

环境配置及程序准备

在终端执行以下命令更新所有软件包

yum update -y
CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图11

在终端执行以下命令安装32位库

yum install libstdc* -y
yum install glibc* -y
yum install libgcc* -y

安装完成后依次输入以下命令,查看未安装的包,然后安装下未安装的包

yum list libstdc* 
CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图12

安装所有可安装的包

yum install libstdc++.i686 libstdc++-devel.i686 libstdc++-static.i686 -y

以此类推。一定要检查你自己是否安装完了!

yum list glibc* 
yum install glibc-devel.i686 glibc-static.i686 -y
yum list libgcc* 
yum install libgcc.i686 libgcc.x86_64 -y

在终端执行以下命令安装gcc

yum install -y autoconf automake bzr gcc gcc-c++ libtool make mercurial subversion wget

Intel-parallel_studio XE 2019

Intel-parallel_studio XE 2019是Intel公司推出的一个用于并行计算、高性能计算和机器学习领域的软件套件。它包括了多个工具和库,可以帮助开发人员优化并行应用程序以提高性能。

其中包含的工具有:

  1. Intel C++编译器:用于编译C++程序,并支持C++14和OpenMP 4.5标准。
  2. Intel Fortran编译器:用于编译Fortran程序,并支持Fortran 2008和OpenMP 4.5标准。
  3. Intel MPI库:用于实现分布式内存并行计算,支持MPI-3标准。
  4. Intel MKL库:数学库,提供了高效的矩阵运算、傅里叶变换、随机数生成等功能。
  5. Intel TBB库:线程库,提供了高效的任务调度、锁操作等功能。
  6. Intel Advisor:性能分析工具,可以帮助开发人员找到并行程序中的性能瓶颈。
  7. Intel VTune Amplifier:性能分析工具,可以帮助开发人员深入了解程序的性能特征,通过改进代码以实现更好的性能表现。

总之,Intel-parallel_studio XE 2019提供了丰富的工具和库,可以帮助开发人员充分利用多核处理器和集群等环境的性能优势,实现高效并行计算。

下载链接:

链接:https://pan.baidu.com/s/1H7yt9eE_sgSf-dB931gOqw
提取码:lsyy

证书:

链接:https://pan.baidu.com/s/1bQr1IG70zcinekCapcyJVw
提取码:lsyy

下载得到 parallel_studio_xe_2019_cluster_edition.tgz 和 License.rar

将 License.rar 解压,解压后将 parallel_studio_xe_2019_cluster_edition.tgz 和 License 文件夹通过XFTP传到/root文件夹下(一直要使用root账户登录)

或者使用宝塔面板将文件上传

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图13
#解压
tar -zvxf parallel_studio_xe_2019_cluster_edition.tgz 
#进入intel 2019 的安装目录
cd parallel_studio_xe_2019_cluster_edition 
#运行安装脚本
sh install.sh 

1.回车

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图14

2.连续按空格(约14次?),知道提示输入accept

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图15

3.我同意收集我的信息/我不同意收集我的信息

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图16

4.这里要等一会儿

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图17

5.默认回车

  1. 跳过先决条件 [默认]
  2. 显示有关问题的详细信息
  3. 重新检查先决条件
CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图18

6.选择2

  1. 使用序列号激活 [默认]
  2. 使用许可证文件或使用Intel(R)软件许可证管理器进行激活
CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图19

7.默认回车

  1. 使用许可证文件离线激活 [默认]
  2. 使用Intel(R)软件许可证管理器查找现有的许可证文件
CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图20

输入证书地址,我这里是

/root/License/parallel_studio_b.lic
CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图21

回车

8.回车

  1. 完成配置安装目标 [默认]
  2. 安装目标 [当前系统(单节点)]
CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图22

9.空格+回车

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图23

这里选择2可以自定义安装目录,这里用默认安装目录是/opt/intel

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图24

10.安装完成,回车退出

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图25

11.配置环境变量

vi ~/.bashrc

输入以下内容,将/opt/intel替换为你的安装目录

# intel 2019 environment variable
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
export PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117:$LD_LIBRARY_PATH
source ~/.bashrc

12.验证

ifort -v
which icc ifort icpc mpiifort
CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图26

成功!

VASP 6.1.2

VASP(Vienna Ab-initio Simulation Package)是一款用于计算材料电子结构和分子动力学的软件包。它采用密度泛围理论(DFT)作为基础理论,对固体材料、表面、分子等进行模拟计算。

VASP的主要特点包括:

1.高精度的计算结果:通过使用平面波基组和赝势方法,能够以很高的精度计算材料电子结构。

2.可扩展性强:VASP可以在多个计算节点上并行运算,从而加速计算速度。

3.支持多种计算方法:除了基本的电子结构计算外,还支持自洽场计算、分子动力学模拟、声子谱计算等各种计算方法。

4.用户友好的界面:VASP提供了一套完整的、用户友好的界面,使得用户更容易地进行计算和分析。

5.广泛应用于材料科学领域:由于其高精度和可靠性,VASP已经成为了许多材料科学研究领域的标准工具之一。

VASP的使用也需要一定的物理化学和计算机知识,需要认真阅读文档和教程,并且需要足够的计算资源来支持计算。

软件包 6.1.2:

链接:https://pan.baidu.com/s/1V-LGPeUjajpZ50rdCShjtg
提取码:lsyy

将文件上传到root文件夹

解压

tar -xzvf vasp.6.1.2.tar.gz

重命名

mv vasp.6.1.2_patched/ vasp.6.1.2

将vasp.6.1.2/arch/makefile.include.linux_intel 这个文件复制到 vasp.6.1.2 目录下,并重新命名为makefile.include

cp vasp.6.1.2/arch/makefile.include.linux_intel vasp.6.1.2/makefile.include

编译

make std
make gam
make ncl

编译成功后会在/root/vasp.6.1.2/bin下看到以下三个文件

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图27

配置环境变量

vi ~/.bashrc
export PATH=$PATH:/root/vasp.6.1.2/bin
source ~/.bashrc

测试

下载上传软件包或者wget http://sobereva.com/attach/455/benchmark.Hg.tar.gz

链接:https://pan.baidu.com/s/1gClG8tAH-4rI2wj339EuWQ
提取码:lsyy

解压

tar -xzvf benchmark.Hg.tar.gz
rm -f benchmark.Hg.tar.gz
cd vasp.Hg
mv IN-short INCAR
mpirun -np 4 vasp_std #vasp_std 就是/opt/vasp.6.1.2/bin 中编译好的几个文件之一

成功

CentOS 7 安装 VASP 6.1.2 教程插图28

感谢

VASP计算新手礼包:基于CentOS 7.6 系统安装VASP 5.4.1_子非鱼c的博客-CSDN博客

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评论

  1. 幻透翼
    Windows Edge 125.0.0.0
    8 月前
    2024-6-06 22:08:58

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